Tegelijkertijd met de aanvoer van zuurstof wordt dan, zij het minder efficiënt, het gevormde CO2 afgevoerd naar de atmosfeer. In elk zeeaquarium ontstaat daarbij een zekere mate van evenwicht tussen de vorming van CO2 en de afvoer, waarbij het CO2 gehalte in grote, niet goed beluchte aquaria gemakkelijk kan oplopen tot enkele milligrammen per liter. Deze sterke verhoging van CO2 boven het natuurlijke gehalte van 0,4 milligram per liter heeft zoals we reeds eerder konden lezen een sterke invloed op het carbonaat (CO3) evenwicht en daarmee op de pH van zeewateraquaria. ( veel carbonaten betekenen veel gebonden en dus weinig vrije waterstof atomen)
Afhankelijk van de beluchting zal het CO2 gehalte in zewater aquaria hoger of lager zijn, met als resultaat een pH die ook weinig zal verschillen van de natuurlijke pH. een verhoogd CO2 gehalte in zeewater leidt dus bovendien tot een daling in het carbonaatgehalte en een stijging van het bicarbonaatgehalte.
Opvallend is vooral de naar verhouding zeer sterke daling van het carbonaatgehalte. Om veranderingen in het carbonaat evenwicht tegen te gaan en daarmee de pH in zeewateraquaria te stabiliseren kan naast een goede beluchting om het CO2 gehalte laag te houden, ook getracht worden kunstmatig de gehalten aan carbonaat en bicarbonaat te verhogen. de meest gekende methode daarbij is het gebruik van kalkfilters.