Het is ook mogelijk een aparte filter te bouwen of het te integreren in een bestaand filtersysteem om een denitrificatie filter (DNF) te bouwen. Specifieke bacteriën culturen bestaan hiervoor. Er schuilt wel enig gevaar in DNF filters omdat ze namelijk ook een deel giftig nitriet maken. Nitriet zal weer moeten worden genitrificeerd en zo weer nitraat vormen. Bij gebrek aan voeding (kan ontstaan als de aanvoer van nitraatrijk water bijvoorbeeld is verstopt) zal het filter sulfaten gaan gebruiken en zo het giftige sulfiet kunnen vormen. Dit is duidelijk merkbaar door de bekende rotte eieren lucht. Filters waar dit in is gebeurd zullen NOOIT zomaar weer worden aangezet, eerst zal het verontreinigde water erin verwijderd moeten worden omdat dit het gehele dierbestand kan doden. (kan bij tijdelijke stroomuitval=tijdelijk geen aanvoer van water voor filter dus gevaarlijk zijn indien aanvoer bij stroominschakeling weer gaat lopen).
In speciaal filters die hiervoor zijn ontworpen word gebruik gemaakt van een extra koolstof bron om de bacterien enorm hard te laten werken en groeien. wodka/alcohol en druivensuiker zijn veelgebruikte middellen hiervoor. Er zijn ook filters met zwavelkorrels welke als voedingsbodem fungeren.
Ook zijn er hobbiesten welke enkele mililiters per dag alcohol rechtstreeks in het aquarium doseren ter behoeve van de denitrificerende bacterien in de bak zelf. hierbij is het risico van vergiftiging door de bacterien vrijwel nihil maar men moet erg voorzichtig zijn met de dosering van alcohol. langzaam opbouwen en erg zuinig in het gebruik ervan. Nooit doseren indien men niet exact weet wat men doet en probeer eerst de oorzaak van de nitraatophoping te vinden. (slechte afschuiming? vuilophoping op de bodem of in bijvoorbeeld filtermateriaal?)